הלב וכלי הדם:

-מפרצת של אבי העורקים: רקמת החיבור של אבי העורקים חלשה בלוקים בתסמונת מרפאן ולכן כתוצאה מלחץ הדם אבי העורקים עלול להתרחב. תהליך זה קורה לרוב בשורש אבי העורקים כלומר נקודה בו הוא יוצא מהחדר השמאלי ממש מעל למסתם האורטלי.

-מפרצת חותרת של אבי העורקים (דיסקציה): מתרחשת כאשר דם חודר אל בין שכבות דופן אבי העורקים ומפריד בין השכבות. מצב זה מלווה בכאב חד. תהליך זה מסכן חיים כיון שיכל לגרום לקרע בדופן אבי העורקים ודימום מסיבי כתוצאה מכך.

-אי ספיקה מסתמית: המסתמים בנויים מרקמת חיבור לכן עלולים להיפגע כתוצאה מתסמונת מרפאן. השכיחות של אי ספיקה של המסתם האורטלי, אי ספיקה של המסתם המיטראלי וגם של צניחה של המסתם המיטראלי גבוה בלוקים בתסמונת מרפאן יחסית לאוכלוסייה.

עיניים:

-תזוזה של העדשה (דיסלוקציה): העדשה של העיין מוחזקת במקומה על ידי רקמת חיבור. חולשה של רקמת החיבור עלולה לאפשר לעדשה לזוז ממקומה דבר הפוגע ביכולת למקד את הראיה.

-היפרדות רשתית: בעיה זו שכיחה יותר בלוקים בתסמונת מרפאן יחסית לאוכלוסייה.

-קטראקט וגלאוקומה: מתפתחים בגיל צעיר מהרגיל בלוקים בתסמונת מרפאן.

שלד:

-עקמת (סקוליוזיס): של עמוד השדרה שכיחה יותר בלוקים בתסמונת מרפאן יחסית לאוכלוסייה.

-עצם החזה שקוע או בולטת מהחזה

סיבוכי הריון

-נשים הלוקות בתסמונת מרפאן עלולות לסבול של כך מסיבוכים במהלך הריון. דופן אבי העורקים חלש יותר בלוקים בתסמונת מרפאן בשל המבנה הפגום של רקמת החיבור. במהלך הריון נפח הדם עולה ועובדה זו עלולה לגרום לעומס גדול על אבי העורקים ומעלה את הסיכון למפרצת חותרת (דיסקציה) ולקרע באבי העורקים.